وی مدرک دکترای پزشکی خود را در مصر دریافت کرد و در همان جا بود که با برخی از هم فکران مانند: دکتر رمضان عبدالله شَلَح، عبدالله الشامی و شیخ عبدالعزیز عوده جنبش جهاد اسلامی فلسطین را تاسیس کرد.
شهید شقاقی که نخستین دبیرکل جهاد اسلامی فلسطین بود، وقتی با نهضت امام خمینی ره و انقلاب اسلامی مردم ایران آشنا شد، طی مقاله ای که بعدها آن را به عنوان یک کتاب تکمیل کرد، امام خمینی ره و انقلاب اسلامی را راه حل مشکلات جهان اسلام معرفی کرد. وی در این کتاب با توجه به تاسی نهضت اسلامی امام و انقلاب اسلامی از فرهنگ عاشورا تاکید داشت که این انقلاب در ذات خود ظلم ستیز است و نمی تواند در ارتباط با مشکلات جوامع اسلامی خصوصا مساله اشغال فلسطین ساکت باشد و لذا اصرار داشت که انقلاب اسلامی ارائه دهنده یک راه حل بدیل در باره جوامع اسلامی است.
کتابی که موجب شد تا دولت مصر وی را بازداشت و زندانی کند و پس از مدتی آزاد و به فلسطین برگشت و ضمن تدریس نوجوانان و جوانان؛ هسته های اولیه مقاومت نظامی علیه اشغالگران صهیونیست را ایجاد کرد که عملیات های متعددی را علیه صهیونیست ها انجام دادند. دقیقا به همین دلیل بود که دولت صهیونیستی وی را بازداشت و نهایتا به جنوب لبنان تبعید کرد. جائیکه موجب تسهیل ارتباط وی با ایرانیان و حزب الله لبنان شد.
شهید شقاقی تاکید داشت که مقاومت در فلسطین باید بر سه اصل اساسی”اسلام، فلسطین و جهاد” استوار باشد و هر جریانی که این سه اصل را در خود تجمیع نداشته باشد، نمی تواند یک جریان مقاومت اصیل شناخته شود. وی همچنین بر وحدت مسلمانان و حتی مسیحیان فلسطین در مقابل صهیونیست ها تاکید داشت و معتقد بود که جهاد اسلامی نباید وارد فرایند سیاسی و انتخابات و غیره شود بلکه وظیفه اصلی آن را جهاد برای آزادی فلسطین با تکیه بر اسلام می دانست. دقیقا به همین دلیل است که این جنبش تاکنون وارد فرایند سیاسی در فلسطین نشده است و از همه انتخابات – اعم از انتخابات شهرداری ها و پارلمان فلسطین – خود را بیرون نگه داشته است.
شهید شقاقی در ۲۶ اکتبر ۱۹۹۵ در شهر والتا مرکز مالت به دستور مستقیم اسحاق رابین، نخست وزیر وقت صهیونیستی توسط عوامل موساد ترور و پیکر مطهر این شهید بزرگوار به سوریه منتقل و در اردوگاه فلسطینی یرموک به خاک سپرده شد./
